دأب فضيلة الإمام الأكبر على تحقيق استقلال الأزهر الشريف رسميًّا منذ توليه منصب شيخ الأزهر حتى يؤدي الدور المنوط به على أكمل وجه، وعندما سنحت الفرصة في عام (2012م)، اقترح فضيلته على المجلس الأعلى للقوات المسلحة الحاكم آنذاك تعديل قانون تنظيم الأزهر، فصدر في 19 يناير المرسوم بقانون رقم (13) لسنة (2012م)، تعديلًا لقانون الأزهر رقم (103) لسنة (1961م)، وقد أسفر هذا التعديل عن عدد من الصلاحيات لمؤسسة الأزهر، في مقدمتها أنه جعل تقلُّد منصب شيخ الأزهر بالانتخابِ من هيئة كبار العلماء بعدما كان بالتعيينِ من قِبل رئيس الجمهورية.